これ、実装することそのものは絶対的に正しいと思うけど、たぶんFirefoxの設定から無効にできないので困っています。
わたしはFirefoxの設定で、複数のタブが開いているウィンドウを閉じるときは問い合わせるようにしてるんですけど（初期設定のまま）、その度ごとに音が鳴って非常に鬱陶しいです。1時間ブラウジングして、5回くらい音が鳴るわけですから。その他にもアドオンマネージャからのFirefox再起動のときとか「メッセージ（問い合わせ）」は結構Firefoxで使われてますし……
しょうがないので、現在はOSの設定で「メッセージ（問い合わせ）」のサウンドをなしに変更して使っています。ということは、OSレベルで「メッセージ（問い合わせ）」のユーザの認知についてリスクが上がっているわけで、なんだかなあ……
追記（2008年12月7日18時00分）：
中野さんのコメントに対する返信です。
まず、使用者としたら有効と無効の切り替えの設定があるのとないのだったらあるほうが絶対いいわけです。
これは好みが分かれると思いますし、今まで音が鳴らなかったわけですし、プラットフォームによっては音が鳴らないわけですし。VistaのUACと同じで、理論上は正しいけれど使用者の使用感を考慮していないように感じました。
少なくとも、私の手元では実装前より私のリスクは高まってます。Firefoxでは音が鳴らないほうがいいけど、他のアプリケーションだったら音が鳴るほうがいい。だけど、Firefoxに合わせざるを得ない。
あと、Firefoxについては私がある程度慣れているので、どういう動作をしたらどういう挙動が予測がつくから、音を鳴らしてまで強調してくれなくてもいいよ、という。
このままだと、この変更が含まれた正式版がリリースされたら「Q. ダイアログが出るとき音が鳴るようになって鬱陶しいです。切る方法はないんですか？ A. ありません。OSの設定を変更してください」というQ&Aがしばしば見られることは容易に想像できます。
追記の追記（2008年12月8日5時20分）：
リファラからこの記事に関するやりとりも拝見したので合わせて。
要するに、Windows 2000環境ではOSもFirefoxも初期設定の状態で、使いかたによっては結構な頻度で音が鳴るようになったんですよ。ブラウザは他のアプリケーションに比べてalertやconfirmのダイアログがよく使われますから。想像してみてください。10〜15分に1回、chord.wavが鳴るようになったらそれは鬱陶しいです。
OSの作法に従ってナビゲーション補助の音が出ることは素晴らしい改善だと思うけど、これだけ頻度が高いとさすがに耳障りなのでFirefoxの設定で無効にできないとOS全体の初期設定そのものを変えなくてはいけない。ナビゲーション補助のためにユーザに分かりやすくするために実装されたのに、一部のユーザではOSの設定ごと変更しなくてはいけなくなって、かえってシステム全体のナビゲーション補助の効果が落ちるという本末転倒な話になるということです。
VistaやXPでは「メッセージ（問い合わせ）」で音が鳴らないそうですが、それはOSが進化すれば思想も変わるでしょうし、Windows 2000にはWindows 2000の設計思想と作法があって、まだ現役のOSなわけですから「文句はMicrosoftに言ってください」としか云えないです。
考えてみたら、一般によく使われるアプリケーションで、ぽんぽんalertやconfirmのダイアログが出るアプリケーションって他にあんまりないような。ファイル編集ソフトの編集状態の未保存での終了や何らかの処理の開始の確認とその終了の通知くらいしか普段はalertやconfirmのダイアログって見ないですよね……
追記の追記の追記（2008年12月9日6時40分）：
追記×4（2008年12月9日19時30分）：
中野雅之 『何故Fxでだけ音をカスタマイズできる必要があるのでしょうか? そこに適当な理由が思いつかなかったため、サウンドを常に鳴らすようにパッチを作りました。alertは明確にユーザへの警告ですし、confirmも同様にユーザへの問い合わせです。これらのイベント時にはOSの設定に従ってユーザに既定の通知方法を提供するのがアプリとしては重要だと考えています。』 (12/07 14:33)
中野雅之 『音が鳴るのが不適切なら、そもそもメッセージボックスをその局面で使うことが間違えているように思います。それと、「リスク」とは何でしょうか? モーダルなメッセージでの話なので、気付くかどうか、という話なら分かるのですが。』 (12/07 22:06)
中野雅之 『あと、音が鳴るからより気付きやすくなっているはずですのでむしろ多くのユーザの「リスク」は減ってるのではないでしょうか?』 (12/07 22:12)
中野雅之 『> ぽんぽんalertやconfirmのダイアログが出るアプリケーションって他にあんまりないような。 私自身は一日に一回も見ないことの方が多いので、この意見自体、賛同しかねます。』 (12/08 14:37)